古人认为：“治人之道，莫急于礼。礼有五经，莫重于祭。”为了维护传统社会的统治秩序，中国历朝历代都制定各种祭祀礼制。洪武初年，朱元璋为其父母的皇陵定下的祭礼为：每年的元旦、清明、中元（阴历七月十五日）、孟冬（冬季之首月，阴历十月称孟冬）、冬至，以“太牢”致祭。古代祭祀中用牛或牛、羊、猪三牲齐备称太牢。
孝陵是明代社会皇权和礼教的神圣象征，倍受统治者的推崇和维护。建文初期，规定孝陵每年元旦、孟冬、皇帝生日、皇帝忌辰、皇后忌辰，以酒果行香，清明、中元、冬至，以太牢致祭，是为五小祭三大祭。小祭不用牲，不用帛，不用祝文，惟用酒果奠献；大祭则须用牲，用帛，用祝文。但有明一代祭祀制度也非一成不变。万历年间祭祀时节显示，孝陵全年常设的八次祭祀由原先的元旦、清明、中元、孟冬、冬至、皇帝生日、皇帝忌辰、皇后忌辰，变为元旦、清明、中元、夏至、孟冬、皇帝生日、皇帝忌辰、皇后忌辰，少了冬至，多了夏至。在规格上，南京太常寺少卿桂有根向朝廷奏文，孝陵的小祭应与大祭一样，均该用牲，用帛，用祝文。皇帝采纳了为孝陵小祭增加祀品的建议。
每至祭祀日，朝廷特遣勋旧大臣一员至孝陵行礼，南京各衙门文武官员陪祭。所特遣的勋旧大臣均为皇亲国戚，他们代表皇帝行礼，祝版内恭书皇帝御名。祭祀日除特遣勋旧大臣行礼外，还派有御史二员监礼。参加祭祀的官员一律服浅淡色衣，时间以三更一点为期，先于监礼御史等处报名，然后进入享殿行礼。
如先期不报，或临期不至，以及车马擅入红门，则要听候监礼官参劾。
为了表示对神主的虔诚，致祭的前一日，主祭官离开居住的皇宫，至郊外斋宫住宿，不饮酒，不玩乐，清心静养，等待着典礼举行。
典礼仪式上导行仪节者称“赞礼”、“赞礼郎”，亦称“赞引”，或称“司仪”，负责者称“典仪官”。按照仪式规程，赞礼郎在旁唱礼，称“赞拜”。古书中有“赞拜殿中，音动左右”之语。随着声声赞拜的起落，告祭典礼的各项程式便在“音动左右”中依序展开。
祭祀典礼开始，所用祀品（如牲、醴等）均陈设齐备，典仪官、唱赞等执事官各司其事。赞礼郎引导主祭官由享殿右门入，立于灵前拜位处，执事官捧香盒至香案，赞礼郎引导主祭官在香案前跪下，侍奉上香。主祭官三上香，完毕，赞礼郎复位，引领众官四拜。典仪官宣布奠帛，行初献礼。执事官捧帛，捧爵，各跪献于香案前。完毕，赞礼郎引领众官皆跪，读祝官恭读祝文。读讫，赞礼郎引领众官俯伏，仰起，平身，众官皆同。典仪官宣布行亚献礼（仪同初献，惟不奠帛，不读祝文），接着宣布行终献礼（仪同亚献）。三献大礼完后，赞礼郎再次引领众官四拜。最后，典仪官宣布将祭物送葬。读祝官捧祝文，进帛官捧帛，至掩埋处葬之。祭祀典礼完毕。
典礼仪式上的初献礼、亚献礼、终献礼，通称三献大礼，即三次举爵过头顶后，洒酒于地面，是古时祭祀的最高礼节。
典礼仪式上的祝文，是祭祀时向神主宣读的文字，由专职读祝文的官员代皇帝恭读。凡祝文均备书陵主的谥号，其正文皆同。祝文款式有：“维年月日，孝子皇帝（御名）谨遣某官敢昭告于皇考太祖（谥号）高皇帝、皇妣（谥号）皇后尊灵曰”数语（《大明会典》）。不同时节的祀典有各自程式化的祝文。如清明、霜降时祝文曰：“时维仲春雨露既濡（季秋霜露既降），追念深恩，不胜怵惕（凄怆），谨用祭告，伏惟尚享。”中元、冬至祝文曰：“气序流迈，时维中元（冬至），追念深恩，伏增哀感，谨用祭告。伏惟尚享。”祭祀结束时，将表示祭祀意图的文字或葬之入地，或焚烧升天，目的均为再度使神主知晓，好请神主降福。
典礼仪式上还有一种专职人员叫乐舞生。乐舞生分乐生和舞生，他们来自道教的神乐观，《明史 ? 乐志》载：“太祖克金陵……先是命选道童充乐舞生。”后来舞生改用军民中的俊秀子弟。在做法事或道场时，乐舞生歌舞奏乐，为神仙祝诞，祈求上天赐福，降妖驱魔，超度亡灵，烘托渲染出宗教气氛。
明崇祯十六年（1643）七月中旬，张岱目睹了孝陵中元（七月十五日）祭祀的情景。那日，享殿肃穆，暖阁 高地面三尺，覆有黄龙帐幕，所列二交椅，褥垫绣以黄锦孔雀翎，织正面龙，华丽庄重。脚下以毡席地，走其上必脱鞋轻趾。东西列有46席妃嫔神位，堂中所供祭品极简陋，有朱红木簋（古代食器）、木壶、木樽，制作粗朴。簋中肉仅三片，粉一铗，黍数粒，东瓜汤一盆而已。暖阁上置一几，陈设小铜炉一，小筋瓶二，杯盏二。暖阁下置一大几，陈设牛头一，羊头一。此供品为祭祀前日所烹制，沉肉于汤使之半熟，是为“燖”。次日五鼓，主祭官魏国公至享殿，主持祭祀，太常官属侍立享殿上。祭祀完毕，牛羊已臭腐不堪闻矣。
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